동본원사는 목포에 들어선 일본 첫 불교사원으로 정식명칭은 ‘진종 대곡파 동본원사’이다. 동본원사 목포별원은 1898년 4월에 세워졌으며 목포심상고등학교 설립 인가를 받아 목포 내에서 일본인 소학교로 최초·정식 운영되기도 했다. 해방 이후 정광사의 관리를 받다가 1957년부터 목포중앙교회로 사용하게 되어 사찰이 교회가 되는 이색적인 약력을 가지게 되었다. 현재는 각종 문화행사 및 전시회 공간으로 활용되고 있다.